巴东县中医医院初建于1953年4月，时由城关地区散在的9名个体医生集资入股，在老城解放街55号租用民房组建城关镇中医联合诊所。1956年扩充组建县中医联合医院，移址中山街43号。11月1日改为巴东县中医医院。1961年9月7日恢复为巴东县中医联合医院。1970年，对原有病房翻修，有职工29人。1971年11月30日，县中医联合医院并入县人民医院，扩充其中医科。
1983年6月，县人民政府批准重新筹建巴东县中医医院，县财政局、县卫生局拔开办费3万元，抽调医药人员17人，借用恩施地区农机公司转运仓库（老城葵花街23号），8月8日正式开业。
1985年6月，又租用鄂西州食品公司巴东站房屋一栋，开设病床20张，时有职工35人。1989年，三峡工程移民迁建启动，投资80万元在新城黄土坡金堂路新建砖混结构住院综合楼一栋，面积2700平方米，1990年正式迁入。
1991年至1995年间，因遭受自然灾害，市场竞争激烈，业务收入步入低谷，人均工资只能发60%，职工情绪低落，人心思走，调离“下海”，发展受到制约。1995年7月，在县委、县政府、县卫生局重视下，充实调整领导班子，出台发展方案、整改措施，提出“医疗是中心、医德是灵魂、质量是生命、质控是关键、科研是先导”的建院原则；以抓改革促活力、抓管理求生存、抓基础求发展、抓质量求效益为目标，组织中层以上干部走出院门到本省10多家医疗单位参观取经，修改各类管理制度108条，优惠政策20条，职工积极性大为增强、两个效益明显提高。1996年，卫生改革深化，医院分级管理启动，经全院职工3年不懈努力，1998年10月，顺利通过省“二甲”评审团验收，成为国家“二级甲等中医医院”。
因黄土坡属深层地质滑坡区，巴东县中医医院1998年度在新城西壤坡楚天路征地9.53亩，新建职工宿舍一栋共28套，投资400万元，新建6300平方米业务综合大楼一栋，投资800万元。2004年5月18日全院迁入新址。
2003年，巴东县中医医院为全县事业单位人事制度改革试点，按照国务院、省、州、县要求，全院职工变身份管理为岗位管理，变行政管理为合同管理，人员能进能出，职称、职务能上能下，待遇能升能降，使职工认识到“今天不爱岗，明天就下岗，今天不敬业，明天就失业”的紧迫感。
在两个文明与医德医风建设中，始终坚持“两手抓，两手硬”的方针，自1996年开展精神文明创建活动以来，开展了“三学、三爱、三优”，争创“五好班子”、“青年文明能手”、“十佳护士”活动，免费接诊病人5000余人，送药下乡免除药费3万余元，为溪丘湾乡石羊山村邦扶点送办公用品、药品器械3500元。2004年，在“关爱女孩”活动中，为信陵镇地区3位生育一胎女孩的农户送人寿保险3000元，为困难群众送温暖，献爱心。2004年2月21日，青年护士王飞越病危时留下遗嘱，自愿捐献眼角膜，全国多家新闻媒体报道了她的事迹，引起社会强烈反响。州卫生局领导率州直卫生系统负责人，专程来院召开学习王飞越座谈会。县委宣传部、县总工会、县妇联，发出向王飞越学习的号召，县卫生局号召全县卫生系统学习。该院以演讲会、报告会、座谈会等形式开展向王飞越学习热潮，将内儿科护理组命名为“飞越护理小组”。11月，武汉市残联、武汉艾格眼科医院、巴东县残联与该院联合举办纪念王飞越“助困复明”工程启动仪式，免费为20例白内障患者施行手术。
在业务建设中，坚持“以人为本、科技强院、发展专科特色、走中西医结合”方针，每年选送业务骨干到武汉同济医院、协和医院、省中医医院、中南医院等进修学习，将引进人才与培养人才相结合，技术实力大为加强。近年来，成功开展了桥脑肿瘤摘除术、肝叶切除术、肺叶切除术、乳腺癌根治术、椎间盘切除术等大型高难度手术，改变了中医院只能看“小病”不能看“大病”，只能看平诊，不能治急诊，只能清创缝合，不能做手术的局面。